低溫噴霧干燥機在使用時清洗方法在一定程度上是可以根據實際選擇干洗、濕洗或化學洗，實驗室噴霧干燥機在進行干洗的過程中，可以有效的用刷子、吸塵器進行清掃，濕洗：用60~80℃的熱水進行清洗。
低溫噴霧干燥機在采用化學清洗的過程中，在進行操作的過程中可以采用酸液、堿液以及各種洗滌劑清洗，在進行使用時其中酸洗，會有效的將其HNO3配成1~2%濃度的溶液，加熱溫度不超過65℃進行洗滌，然后用水清洗；堿洗：將NaOH配成0.5~1%濃度的溶液，加熱溫度不超過65℃進行洗滌，然后用清水清洗。
實驗室噴霧干燥機在一定程度上應該有效的按照其周圍的環境條件，其空氣的含塵量的高低而定，一般含量高的3~6星期清洗一次，含塵量低的6~8星期清洗一次。其中的不銹鋼細絲，用堿洗法洗滌后，仍應均勻地敷設到空氣過濾器的框架內，并噴以輕質錠子油或真空泵。